Model 4 analysis
Benjamin Mercier
Last updated on 13 October, 2022
Model 4
Description of the model
This fourth model is a new variation. It still compute the mass-action on the numerator, but attempts to make the flux saturate with the part on the denominator with the part of \(1 + {...}\), where we use handling time and the whole biomass consumption of the predator. \[\begin{align}
F_{ij}^{real} = \frac{F_{ij}^{theoretical}}{1+h_j * \sum_{i=1} ^{i}{F_{j}^{theoretical}}} && F_{ij}^{theoretical} &= \alpha_{j} * B_i * \frac{B_j}{M_j} \\
\end{align}\]
où
- \(\alpha\) est un paramètre spécifique à un prédateur (mais le prédateur peut se retrouver dans plusieurs réseaux différents)
- \(B_i\) est la biomasse de la proie dans un réseau spéficique
- \(B_j\) et \(M_j\) sont la biomasse et la bodymass d’un prédateur spéficique. La biomasse du prédateur est la même dans un réseau, mais peut varier d’un réseau à l,autre, alors que son bodymass sera le même pour chacun des réseaux.
- \(h_j\) est une variable déjà calculée.
Summary table
| mean | se_mean | sd | 2.5% | 25% | 50% | 75% | 97.5% | n_eff | Rhat | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| a_pop | -8.088688 | 0.0132300 | 0.5143938 | -9.051572 | -8.439737 | -8.112349 | -7.751187 | -7.042196 | 1511.724 | 1.0023269 |
| a_sd | 3.225298 | 0.0068436 | 0.3558399 | 2.592930 | 2.979367 | 3.198639 | 3.438391 | 3.999457 | 2703.625 | 1.0015180 |
| sigma | 1.701409 | 0.0004286 | 0.0425915 | 1.622268 | 1.671577 | 1.700160 | 1.730250 | 1.786141 | 9875.842 | 0.9999293 |
Exploring parameters posterior distribution
General parameters
Respective predator alphas
Respective predator handling times
Rhats
Examining Rhats to see if all parameters have converge
Simulated data vs observed data
